Análise e identificação de um elemento mariner-like no genoma de aves

Abstract

Os elementos transponíveis (ETs) são sequências de DNA encontradas repetidamente nos genomas, que possuem como particularidade a capacidade de mudarem de posição tanto dentro como entre genomas. São classificados de acordo com suas moléculas intermediárias de transposição em classe I (RNA) ou classe II (DNA). São encontrados no genoma hospedeiro nas formas autônomas, que possuem toda a estrutura para sua transposição, e não- autônomas (defectivas) que não a possuem. As aves formam um grupo de animais vertebrados bastante diversificado e amplamente distribuído, porém ainda pouco estudado em relação a genomas e ETs. Dentre os pouco elementos anotados no genoma de Gallus gallus (galinha) está o galluhop, classificado como sendo de classe II e pertencente à família mariner, provavelmente defectivo e inativo. Este trabalho tem por objetivo contribuir para o conhecimento sobre a presença, dinâmica e evolução de elementos transponíveis (mariner-like) nos genomas das aves, identificando e analisando o elemento galluhop nos genomas sequenciados de aves, por meio de abordagens in sílico; e identificando elementos mariner-like em aves passeriformes do bioma Pampa. No primeiro trabalho, foram encontradas cópias do elemento galluhop em Buceros rhinoceros, Coturnix japonica, Colinus virginianus, Lyrurus tetrix e Meleagris gallopavo. Nas primeiras quatro espécies foram analisadas cópias do elemento quanto à quantidade, tamanho, identidade, existência de repetições terminais e atividade do elemento através da existência de uma fase aberta de leitura (ORF). Com as espécies identificadas com galluhop reconstruiu-se a relação filogenética do elemento com outros elementos da família mariner. As primeiras análises indicaram se tratar de um elemento não autônomo, possivelmente MITE( Miniature Invertedrepeat Transposable Elements) devido as suas características, e a filogenia mostrou se tratar de um elemento mariner de uma subfamília ainda não descrita. No segundo trabalho foi identificada, por dot blot, a presença de elementos mariner-like em algumas famílias de aves existentes no bioma Pampa, projetando uma distribuição mais ampla dessa família de elementos.

The transposable elements (TEs) are DNA sequences repeatedly found in the genomes, which have the particularity the ability to change position both within and between genomes. They are classified according to their intermediary molecules transposition into class I (RNA) or class II (DNA). They are found in the host genome in autonomous forms, which have the whole structure for their transposition, and nonautonomous (defective) not autonomous transposition. The birds form a vertebrate group rather diverse and widely distributed, but still poor studied in relation to genomes and TEs. Among the some elements annotated the genome of Gallus gallus (chicken) is the galluhop, classified as Class II and belongs to the mariner family, probably defective and inactive. This work aims to contribute to the knowledge about the presence, dynamics and evolution of transposable elements (mariner-like) at bird genomes, identifying and analyzing the galluhop element in sequenced genomes of birds, through approaches in silico; and identifying mariner-like elements in Passeriformes birds of the Pampa biome. In the first study, the galluhop element copies were found in Buceros rhinoceros, Coturnix japonica, Colinus virginianus, Meleagris gallopavo and Lyrurus tetrix. In the first four species were examined copies of the element to the quantity, size, identity, presence and activity terminal repeats of the copies and activity of the element by the provision of ORF. With the species identified with galluhop sequences was reconstructed the phylogeny respect to the element with the mariner family. The first analysis indicated it is a not autonomous element, possibly MITE due to their characteristics and phylogeny showed it is a mariner element of a subfamily still not described. In the second study was identified by dot blot, the presence of mariner-like elements in some families of birds occurring in the Pampa biome, projecting a wider distribution of this family of elements