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dc.contributor.advisor1Paula, Favero Reisdorfer-
dc.creatorOliveira, Alisson Felipe de-
dc.date.accessioned2023-06-02T17:48:06Z-
dc.date.available2023-
dc.date.available2023-06-02T17:48:06Z-
dc.date.issued2018-
dc.identifier.citationOLIVEIRA, Alisson Felipe de. Estudos de modelagem molecular, de homologia e ancoramento de proteínas dead-box ddx3 para fins de desenvolvimento de compostos antivirais. 72p. Dissertação (Mestrado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Federal do Pampa, Uruguaiana, 2018pt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.unipampa.edu.br/jspui/handle/riu/8415-
dc.description.abstractThe emergence of multiple drug-resistant strains poses a risk of failure in antiviral therapy. As a result of this condition, there is a need to identify new drugs that can be used against these pathogens in the development of safe and effective therapeutic agents. Recent studies suggest that cellular cofactors are involved in important steps of viral replication. The DEAD-box RNA helicase DDX3 is a human enzyme that interacts with proteins encoded by some viruses, and that use it to favor their replication. In the present work, we carried out studies of protein homology modeling and molecular anchoring, toxicity and bioactivity prediction of antiviral candidate compounds. Since the three-dimensional structure of human DDX3 in its closed conformation is not experimentally available, DDX3 was predicted by homology modeling using the MODELLER 9v20 tool, using multiple models. The energy minimization of the modeled protein was done using Chimera 1.10.1 software and validated by the Ramachandran plot with 99.7% of DDX3 residues in the allowed region, and the overall quality factor was 78,247 using the ERRAT software which resulted in data validated for their stereochemical qualities. The protein model was used to anchor the compounds tidiazuron and ketoprofen potential inhibitors of DDX3 using Autodock 4.2 software. Interestingly, among the binding residues of both compounds are PHE 357 and THR 323. These residues play a fundamental role in the activity of DEAD-BOX DDX3 inhibitors. Thus, this study provides more information about the DDX3 helicase inhibitory relationships and opens the way for the design of effective strategies to overcome antiviral resistance by inhibiting the replication of viruses that use cellular cofactors. In addition, bioactivity profiles such as the “druglikeness”, “drugscore” and physicochemical properties filter of Lipinski's rule of five, of these compounds resulted in promising values and, therefore, these potential inhibitory agents can be taken in pre-clinical studies. -clinical and clinical as antiviral therapy.pt_BR
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal do Pampapt_BR
dc.rightsAcesso Abertopt_BR
dc.subjectHomology modelingpt_BR
dc.subjectDEAD BOX DDX3pt_BR
dc.subjectPrediction of bioactivity and physicochemical propertiespt_BR
dc.subjectMolecular anchoringpt_BR
dc.subjectAntiviralspt_BR
dc.subjectModelagem de homologiapt_BR
dc.subjectDEAD BOX DDX3pt_BR
dc.subjectPredição de bioatividade e propriedades físico-químicaspt_BR
dc.subjectAncoramento molecularpt_BR
dc.subjectAntiviraispt_BR
dc.titleEstudos de modelagem molecular, de homologia e ancoramento de proteínas dead-box ddx3 para fins de desenvolvimento de compostos antiviraispt_BR
dc.title.alternativeMolecular modeling, homology and anchoring studies of dead-box ddx3 proteins for the development of antiviral compoundspt_BR
dc.typeDissertaçãopt_BR
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/2409241036979989pt_BR
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/4455461576886254pt_BR
dc.publisher.initialsUNIPAMPApt_BR
dc.publisher.programMestrado Acadêmico em Ciências Farmaceuticaspt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS DA SAUDEpt_BR
dc.description.resumoO surgimento de múltiplas cepas resistentes a fármacos são um risco de falha na terapia antiviral. Em consequência dessa condição, existe a necessidade de identificar fármacos novos que possam ser utilizados contra esses patógenos no desenvolvimento de agentes terapêuticos seguros e efetivos. Estudos recentes sugerem que cofatores celulares estão envolvidos em etapas importantes da replicação viral. O DEAD-box RNA helicase DDX3 é uma enzima humana que interage com proteínas codificadas por alguns vírus, e que a usam para favorecer a sua replicação. No presente trabalho, realizamos estudos de modelagem de homologia de proteínas e ancoramento molecular, predição de toxicidade e de bioatividade de compostos candidatos a antivirais. Uma vez que a estrutura tridimensional de DDX3 humana em sua conformação fechada não está disponível experimentalmente, DDX3 foi predita por modelagem de homologia a partir da ferramenta MODELLER 9v20, utilizando múltiplos modelos. A minimização de energia de proteína modelada foi feita usando os softwares Chimera 1.10.1 e validada pelo gráfico de Ramachandran com 99.7% de resíduos de DDX3 na região permitida, sendo que o fator de qualidade geral foi de 78.247 usando o software ERRAT o que resultou em dados validados por suas qualidades estereoquímicas. O modelo protéico foi utilizado para ancoragem dos compostos tidiazuron e cetoprofeno inibidores potenciais da DDX3 utilizando o software Autodock 4.2. Curiosamente, entre os resíduos de ligação de ambos os compostos estão a PHE 357 e o THR 323. Estes resíduos desempenham papel fundamental na atividade dos inibidores da DEAD-BOX DDX3. Assim, este estudo fornece mais informações sobre as relações inibitórias da helicase DDX3 e abre caminhos para a concepção de estratégias eficazes para superar a resistência aos antivirais ao inibir a replicação de vírus que utilizam cofatores celulares. Além disso, os perfis de bioatividade como o “druglikeness”, “drugscore” e filtro de propriedades físico-químicas da regra dos cinco de Lipinski, desses compostos resultaram em valores promissores e, portanto, esses potenciais agentes inibidores podem ser tomados em estudos pré-clínicos e clínicos como terapia antiviral.pt_BR
dc.publisher.departmentCampus Uruguaianapt_BR
???org.dspace.app.webui.jsptag.ItemTag.appears???Mestrado em Ciências Farmacêuticas

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ALISSON FELIPE DE OLIVEIRA.pdf2.09 MBAdobe PDF???org.dspace.app.webui.jsptag.ItemTag.view???


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